Aus dem strategischen Ziel des INTERREG IV C Programms wurden zwei thematische Prioritäten* definiert. Für die Priorität Innovation und wissensbasierte Wirtschaft standen 55% des Programmbudgets zur Verfügung, für die Priorität Umwelt und Risikoprävention 39%. Ein Projekt konnte aber auch mehrere Themen umschließen, ein themen- und sektorübergreifender Ansatz wurde ausdrücklich unterstützt.
Gefördert wurden Projekte in folgenden Prioritäten:
 
                
        
    
 
                
        
    
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