Der EMFF wird in Europa dazu beitragen, die Ziele der Reform der Gemeinsamen Fischereipolitik zu erreichen und ferner helfen, dass sich die Fischer auf die nachhaltige Fischerei umstellen und die Küstengemeinden ihre Wirtschaftstätigkeit diversifizieren können.
Die nationale Verwaltungsbehörde des EMFF ist im Bundesministerium für Land- und Forstwirtschaft, Regionen und Wasserwirtschaft, Abteilung II/2 - Koordination Ländliche Entwicklung und Fischereifonds, angesiedelt.