Die Aufgaben, Strukturen und Gremien der ÖROK sowie der ÖROK-Geschäftsstelle sind in der Geschäftsordnung der ÖROK festgehalten.
Den ständigen Vorsitz in der Raumordnungskonferenz (politische Konferenz) führt der Bundeskanzler bzw. aktuell der vom Bundeskanzler mit seiner ständigen Vertretung betraute Bundesminister für Land-und Fortswirtschaft, Regionen und Wasserwirtschaft. Erste/r Stellvertretende/r Vorsitzende/r ist die/der jeweilige Vorsitzende der Landeshauptleutekonferenz; die/den Zweiten Stellvertretende/n Vorsitzende/n stellen von Sitzung zu Sitzung abwechselnd der Österreichische Gemeindebund und der Österreichische Städtebund.
Dieses politische Beschlussorgan der ÖROK umfasst alle BundesministerInnen und Landeshauptleute, die Präsidenten des Österreichischen Städtebundes und des Österreichischen Gemeindebundes sowie mit beratender Stimme auch jene der Wirtschafts- und Sozialpartner. Beschlüsse der Raumordnungskonferenz sind einstimmig zu fassen.
Zur Erfüllung ihrer Aufgaben bedient sich die ÖROK auf Verwaltungsebene einer "Stellvertreterkommission" sowie verschiedener Ausschüsse und Arbeitsgruppen, die sich aus VertreterInnen der Gebietskörperschaften und der Wirtschafts- und Sozialpartner zusammensetzen.
Die Stellvertreterkommission ist das vorbereitende Organ der politischen Konferenz. Ihre Mitglieder unterliegen jedoch dem Weisungsrecht der sie entsendenden Stellen. Die Stellvertreterkommission hat die Aufgabe, Vorschläge und Gutachten an die ÖROK zu erstatten und - bei besonderer Ermächtigung - auch namens der Konferenz Beschlüsse zu fassen. Die Stellvertreterkommission tritt in der Regel einmal jährlich zusammen.
Zur Beratung von speziellen Sachfragen werden von der Stellvertreterkommission Unterausschüsse eingesetzt. Die beiden permanenten Unterausschüsse sind:
Ständiger Unterausschuss
Zu seinen Aufgaben zählt unter anderem die Erarbeitung und Konkretisierung des Raumentwicklungskonzeptes, die Herausgabe des Raumordnungsberichtes sowie des ÖROK-Atlas.
Unterausschuss Regionalwirtschaft
Seit dem EU-Beitritt Österreichs im Jahr 1995 fungiert der Unterausschuss Regionalwirtschaft als Koordinationsgremium zu Fragen der EU-Regionalpolitik sowie deren Umsetzung in Österreich.
Unterausschuss EU-Kooperationen
Der Unterausschuss EU-Kooperationen fungiert als die zentrale Austauschplattform für die innerstaatliche Koordination bei der Umsetzung der transnationalen und interregionalen Zusammenarbeit im Rahmen der Strategien und Programme europäischer Raum- und Stadtentwicklung.
Für die politische Konferenz, die Stellvertreterkommission und ihre Unterausschüsse ist eine Geschäftsstelle eingerichtet. Sie hat ihren Sitz – bei Wahrung ihrer organisatorischen Selbstständigkeit – bei dem für die Koordination von Raumordnung und Regionalpolitik zuständigen Bundesministerium, aktuell dem Bundesministerium für Land- und Forstwirtschaft, Regionen und Wasserwirtschaft. Darüber hinaus hat die Geschäftsstelle eine Reihe von operativen Aufgeben, wie z. B. die organisatorische Unterstützung der ÖROK-Gremien, die Publikationstätigkeit und Öffentlichkeitsarbeit, die Funktion der Verwaltungsbehörde für das Österreich-weite EFRE-Regionalprogramm oder jene als National Contact Point für die transnationalen und Netzwerkprogramme der EU.
Ausgehend vom Beschluss der ÖROK-STELLVERTRETERKOMMISSION vom November 2013, der ÖROK-Geschäftsstelle die Funktion der "Verwaltungsbehörde" für das "Operationelle Programm EFRE/IWB Österreich 2014-2020" zu übertragen, wurde eine entsprechende Steuerungsstruktur ("Aufsichts-" und "Steuerungsgruppe") eingerichtet.