Die Schwerpunkte, zu denen transnationale Projekte im Rahmen von SOUTH-EAST EUROPE gefördert werden, orientieren sich an der Strukturfondsverordnung. Zwischen den Programmprioritäten und deren Subeinheiten/ Handlungsfelder (AoI – Areas of Intervention) ergeben sich durchaus Überschneidungen, doch werden Projekte entsprechend ihres Hauptfokus einer AoI einer Priorität zugeordnet.
Im Operationellen Programm wurden vier für Projekte relevante Prioritäten definiert, hinzu kommt als Priorität 5 die Technische Hilfe, welche sich auf die Implementierung des Programms bezieht.
In folgenden Prioritäten können Projekte in SOUTH-EAST EUROPE umgesetzt werden:
| Priorität 1: Förderung von Innovation und Unternehmertum |
| Entwicklung von spezifischen Technologie- und Innovationsnetzen |
| Schaffung eines günstigen Umfelds für innovatives Unternehmertum |
| Verbesserung der Rahmenbedingungen für Innovation |
Priorität 2: Schutz und Verbesserung der Umwelt
|
| Verbesserung von integriertem Wassermanagement und Hochwasserschutzmaßnahmen |
| Verbesserung der Präventionsmaßnahmen gegen Umweltrisiken |
| Förderung von Kooperationen zwischen Ressourcenmanagements und Schutzgebieten |
| Förderung von Energie- und Ressourceneffizienz |
| Priorität 3: Verbesserung der Erreichbarkeit |
| Verbesserung der Koordination zur Förderung, Planung und Implementierung primärer und sekundärer Transportnetzwerke |
| Entwicklung von Strategien zur Überwindung des Digital Divide |
| Verbesserung der Rahmenbedingungen für multimodale Plattformen |
| Priorität 4: Entwicklung von transnationalen Synergien für nachhaltige Wachstumsgebiete |
| Überwindung von Kernproblemen in Stadtgebieten und von regionalen Siedlungsstrukturen |
| Förderung einer ausgewogenen Struktur von attraktiven und gut aufgeschlossenen Wachstumsgebieten |
| Förderung der Nutzung des Kulturerbes für nachhaltige Entwicklung |