Das Hauptziel des Programms CENTRAL EUROPE wurde als direkte Antwort auf die neuen Lissabon- (Wachstum, Wettbewerbsfähigkeit, Beschäftigung) und Göteborg-Agenden (Nachhaltigkeit) formuliert, jedoch an den Kontext eines transnationalen Kooperationsprogrammes angepasst. Die Lissabon-Agenda, die Europa zur wettbewerbsfähigsten Wirtschaft machen soll, fordert eine Mobilisierung des Wachstumspotenzials in allen Regionen, um das geografische Gleichgewicht der wirtschaftlichen Entwicklung zu verbessern.

Das Programmziel geht auch auf die jüngste Geschichte der beteiligten Staaten ein, fünf der Staaten traten erst 2004 der Europäischen Union bei, und legt besonderen Wert auf die Integration im Programmraum.

Das Ziel des Programms ist also die Stärkung der territorialen Kohäsion, Förderung der internen Integration und Verbesserung der Wettbewerbsfähigkeit Mitteleuropas (siehe auch Operationelles Programm CENTRAL EUROPE). Die nachfolgende Grafik veranschaulicht die genannten Ziele sowie die davon abgeleiteten Programmprioritäten: