Die Schwerpunkt, zu denen transnationale Projekte gefördert werden, sind in der EFRE-Verordnung festgelegt und umfassen die Themen Innovation, Erreichbarkeit, Umwelt und nachhaltige Stadtentwicklung. Die inhaltliche Ausgestaltung und Präzisierung der Prioritäten obliegt den Programmen bzw. den an den Programmen beteiligten Mitgliedstaaten.
Um einen "bottom-up" Ansatz im Programm zu ermöglichen, sind die Prioritäten bei CENTRAL EUROPE breit ausgelegt. Es ist aber die Möglichkeit vorgesehen, die thematische Schwerpunktsetzung während der Programmlaufzeit einzuengen.
Grundsätzlich können im Programm CENTRAL EUROPE Projekte in den folgenden 4 Themenbereichen eingereicht und umgesetzt werden:
| Priorität 1: Innovation |
| Verbesserung der Rahmenbedingungen für Innovation |
| Aufbau von Potentialen zur Verbreitung und Anwendung von Innovation |
| Förderung der Wissensbildung |
| Priorität 2: Verbesserung der Erreichbarkeit von und innerhalb Mitteleuropas |
| Verbesserung der Anbindung Mitteleuropas |
| Entwicklung von Zusammenarbeit im Bereich multimodaler Logistik |
| Förderung einer nachhaltigen und sicheren Mobilität |
| Informations- und Kommunikationstechnologien und alternative Lösungen für einen besseren Zugang |
| Priorität 3: Verantwortungsbewusste Nutzung unserer Umwelt |
| Entwicklung einer hochqualitativen Umwelt durch das Management natürlicher Ressourcen und des Naturerbes |
| Verringerung natürlicher und vom Menschen verursachter Gefahren und von deren Auswirkungen |
| Förderung der Nutzung erneuerbarer Energien und Steigerung der Energieeffizienz |
| Förderung umweltfreundlicher Technologien und Aktivitäten |
| Priorität 4: Verbesserung der Wettbewerbsfähigkeit und Anziehungskraft von Städten und Regionen |
| Förderung polyzentrischer Siedlungsstrukturen und der territorialen Zusammenarbeit |
| Bekämpfung der territorialen Auswirkungen des demografischen und sozialen Wandels auf die Stadt- und Regionalentwicklung |
| Nutzung kultureller Ressourcen für attraktivere Städte und Regionen |
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