Die Verwaltungsstukturen ändern sich im Vergleich zur Periode 2000-2006 nur geringfügig. Die Verwaltungsbehörde (MA) wird weiterhin in Salzburg angesiedelt bleiben. Das Gemeinsame Technische Sekretariat (JTS) ist mittlerweile nach München übersiedelt. 

Unterstützt werden sie durch das Netzwerk nationaler Kontaktstellen, welche im Programm Alpine Space Contact Points (Alpine Space Contact Point) genannt werden. In Österreich wird der Contact Point weiterhin und identisch für alle betreuten Programme mit NCP (National Contact Point) abgekürzt werden.

Weiteres gibt es in Österreich auch das so genannte Nationale Komitee, welches der österreichischen Positionierung im Programmausschuss dient.

Die Organisationsstrukturen zur Abwicklung des Alpenraumprogrammes sehen wie folgt aus: